伊曲康唑和特比萘芬是治疗灰指甲常用的抗真菌药物。2002年美国FDA报告了因伊曲康唑和特比萘芬口服治疗灰指甲引发严重的不良反应，出现了严重的充血性心力衰竭和严重肝脏毒性的病例。美国FDA要求在伊曲康唑和特比萘芬的药品标签上作出重要修改，提示可能发生的严重不良反应，特别是伊曲康唑可以引起充血性心力衰竭。

特比萘芬总不良反应发生率为10.5％，较常见的不良反应为胃肠道反应，比例为4.9％，其他不良反应还有皮肤过敏反应为2.3％，无症状性或症状性肝转氨酶升高为3.3%，少数患者可能出现全血细胞减少。

药疹为伊曲康唑多见的不良反应之一，发生率为0.1%～2%。常见的不良反应还有消化道反应，包括恶心和呕吐10%，腹泻0.2%～2%，上腹痛、腹胀、厌食、便秘、消化不良等。一般认为伊曲康唑的肝脏损害少见且轻微，引起肝炎的风险度较低，无症状肝酶值升高发生在连续方法为1％～5％，在冲击方法为1.7％～2％。伊曲康唑还可引起神经系统反应、月经紊乱、甲状腺功能减退等，不良反应随疗程延长而增加。