虽然生殖器疱疹的症状一般都有红斑、丘疹、水疱、脓疱、破溃、糜烂、溃疡、结痂、愈合的演变经过，但有相当一部分的患者表现为不典型生殖器疱疹，不典型的症状包括皮肤的裂隙、裂纹或细小线状溃疡、非特异性红斑、丘疹、毛囊炎、硬结或疖肿等。常常被认为是无症状感染者，其实只是这些非典型的症状未被识别而已。