HSV-1常由口腔唾液传染，而HSV-2存在于女性的宫颈、阴道、尿道和外阴，生殖器疱疹几乎都是通过性接触传播。性交时生殖器皮肤黏膜表面受到摩擦。病毒颗粒通过微小裂隙进入皮肤黏膜的角质形成细胞，使感染的表皮细胞遭到破坏，引起表皮损伤。主要经产道传染，也有经宫内感染，从感染到发病的潜伏期为2～20天(平均6天)。