生殖器疱疹的症状较轻，发作后几天就可愈合，但令人头痛的是一旦染上生殖器疱疹后，容易复发。有时一年要复发好几次，持续多年。

生殖器疱疹为什么容易复发呢？是因为机体在感染了单纯疱疹病毒后，很快就产生了抗体，也就是说有了免疫力，依靠身体的免疫反应，局部的病毒很快被清除了。但有些病毒可以沿周围神经逆行至相应的神经节中潜伏下来。它们平时静止不动，与机体“和平共处”，但一旦遇到“风吹草动”，即机体抵抗力下降如疲乏、工作劳累、精神紧张、大量饮酒、女性月经前后等因素它们就会活跃起来，沿周围神经扩散到皮肤黏膜中，大量复制，导致生殖器疱疹的复发。

复发性生殖器疱疹的症状与原发性生殖器疱疹相似，但症状较轻，愈合亦快，除了局部不适外无全身性的症状。复发的次数与频度因人而异，复发时间也无一定规律，但每次复发前都会感到阴部有烧灼感，瘙痒感或其他不适。一般发生在男性阴部的疱疹和女性外阴的症状明显，如果尿道、宫颈的复发很难诊断而被漏诊。