生殖器疱疹的病原体主要为单纯疱疹病毒2型（HSV-2），HSV-2为一直径150～200nm的DNA病毒，含有一直径75nm的双链DNA核心，周围有由162个壳粒组成的20面体蛋白质衣壳，外有含脂质的包膜。约10％的生殖器疱疹由HSV-1引起。HSV存在于皮肤黏膜损害的渗液、精液、前列腺液、宫颈及阴道分泌物中，与感染者发生性接触时，生殖器皮肤黏膜因摩擦受到损伤，HSV通过微小裂隙进入皮肤黏膜的角质形成细胞。病毒在细胞内复制，并直接转播到周围细胞，使受感染的表皮细胞破坏，引起表皮损伤。原发性感染消退后，残留的病毒经周围神经轴索长期潜伏于骶神经节中，当机体免疫力、抵抗力下降（如外伤、感染、月经或受寒冷刺激）时，病毒被激活，由骶神经节返回经常受累部位的皮肤黏膜而出现复发感染。